昭和54年からの第２次５年計画では、第１次５年計画での調査成果を踏まえ、次のような計画を立てた。
この基本計画に沿い、まず遺跡全体に測量基準点を設置して、その後の継続的調査に備えた。
政庁では、西脇殿、東・西前殿や北東部・北西部建物などが確かめられ、政庁地区の全面積の約85％が調査された。
外柵材木塀は外柵南部で位置の確認に努め、材木塀に掘や櫓は伴わず、建て替えがないことが明確となった。
外郭線は北部の材木塀の位置把握に精度を増したほか、南部で築地土塀と櫓状建物を検出した。
古くから注目されていたホイド清水からは、多くの木製品や木簡、絵馬が出土した。
第２次５年計画での調査面積は9,532㎡、調査経費は59,710,000円である。